Kégl Sándor könyvtára rendkívül értékes keleti kéziratokkal is gyarapította az Akadémia könyvtárának gyűjteményét. A kéziratok mind nyelvükben, mind témájukban tükrözik Kégl sokoldalú érdeklődését, valamint azt, hogy megvásárlásukban nem bibliofil szenvedély vagy esztétikai szempont vezérelte, hanem az adott művek tanulmányozásának a vágya.

Az iranista Kégl fő gyűjtőköre természetesen a perzsa irodalom volt. Hagyatékában 59 perzsa kézirat maradt fenn, amelyek szerzőiről, illetve magukról a művekről tanulmányai, előadásai is szóltak, mint például Amír Huszrau (O. 65; O. 71; O 77; O. 79), vagy a Bhagavadgítá (O. 75). Utóbbi kézirat érdekessége, hogy a perzsa fordítás mellett tartalmazza a szanszkrit szöveg arab betűs átírását is. A Kégl által fontosnak tartott művek több példányban is megtalálhatóak, így Dzsámí Juszuf és Zalihája (O. 84; O 85) vagy Szádí Gulisztánja (O. 61; O.82). A jeles perzsa költők dívánjain kívül ott vannak a gyűjteményben a misztikus irodalom gyöngyszemei is, valamint néhány történeti, lexikográfiai és nyelvtani munka. A Keleti Gyűjtemény legrégebbi perzsa kézirata az 1319-ben másolt Kalíla va Dimna (O. 57) szintén a Kégl-könyvtárból származik.

Jelentős perzsa kéziratos gyűjteményén kívül néhány hindusztáni és török kézirattal is gazdagította az Akadémia könyvtárának állományát. A keleti kéziratokat nemcsak perzsiai tanulmányútja idején szerezte be, hanem hazai és külföldi könyvkereskedők és antikváriusok révén is.